Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή ξεκίνησε τη διαδικασία οργάνωσης του διακανονισμού ομολόγων NextGenerationEU και άλλων ομολόγων της ΕΕ μέσω της υποδομής πληρωμών και διακανονισμού του Ευρωσυστήματος (της Ευρωπαϊκής Κεντρικής Τράπεζας και των εθνικών κεντρικών τραπεζών της ευρωζώνης). Με τον τρόπο αυτό, η έκδοση ομολόγων της ΕΕ θα ευθυγραμμιστεί με τις ρυθμίσεις που χρησιμοποιούν οι κρατικοί εκδότες της ΕΕ και ο Ευρωπαϊκός Μηχανισμός Σταθερότητας (ΕΜΣ), των οποίων οι συναλλαγές ομολόγων διακανονίζονται σε χρήμα κεντρικών τραπεζών.
Κατόπιν διαδικασίας επιλογής, η Επιτροπή αποφάσισε να συνεργαστεί με την Ευρωπαϊκή Κεντρική Τράπεζα, η οποία θα λειτουργεί ως φορέας πληρωμής, και με την Εθνική Τράπεζα του Βελγίου, η οποία θα ενεργεί ως διακανονιστής για όλους τους χρεωστικούς τίτλους της ΕΕ, όταν τεθεί σε λειτουργία η υπηρεσία έκδοσης τίτλων της ΕΕ. Η υπηρεσία έκδοσης τίτλων της ΕΕ θα δημιουργήσει ίσους όρους ανταγωνισμού για όλα τα κεντρικά αποθετήρια τίτλων και τους επενδυτές που διαπραγματεύονται ομόλογα που εκδίδονται από την ΕΕ. Με την υπηρεσία έκδοσης τίτλων της ΕΕ, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή θα διαθέτει μια διαδικασία διακανονισμού που θα αντικατοπτρίζει τον νέο ρόλο της ως ενός από τους μεγαλύτερους εκδότες χρεωστικών τίτλων σε ευρώ.